Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión. En la temporada 2011/12, tras la renovación por un año más del acuerdo de filialidad firmado entre ambos clubes en el verano de 2010, el equipo filial bajo la denominación de Burgos B Bupolsa, quedó en el puesto 16.º del grupo VIII de la Tercera División.